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圖a：mNGS體液分析工作流程示意圖

a, Schematic of mNGS body fluid analysis workflow. The clinical gold standard consisted of aggregated results from cultures, bacterial 16S PCR and/or fungal 28S–ITS PCR, while the composite standard also included confirmatory digital PCR with Sanger sequencing and clinical adjudication. For nanopore sequencing in <6?h, 40–60?min are needed for nucleic acid extraction, 2–2.5?h for mNGS library preparation, 1?h for nanopore 1D library preparation and 1?h for nanopore sequencing and analysis. 

（臨床金標準由培養(yǎng)物、細菌16SPCR和/或真菌28S-ITSPCR的共同結果，而復核標準還包括與Sanger的驗證性數(shù)字PCR測序和臨床診斷。 對于< 6? h的納米孔測序，核酸提取需40~60? min，mNGS文庫制備需2~ 2.5?h，納米孔1D 建庫需1?h，納米孔測序分析需1?h。）

圖b：研究中包括的182例體液樣本的分析工作流程

b, Analysis workflow for the 182?body fluid samples included in the study. 170?samples were included in the accuracy assessment while 12?samples collected from patients with a clinical diagnosis of infection but negative microbiological testing were included for mNGS analysis. The pie chart displays the body fluid sample types analyzed in the study. 

（在準確性評估中包括170個樣本，從臨床診斷感染的患者中收集的12個樣本，但對陰性微生物樣本進行了mNGS檢測。餅圖顯示研究中分析的體液樣本類型。）

圖c：相對于培養(yǎng)的mNGS測試的時機

c, Timing for mNGS testing relative to culture. Whereas culture-based pathogen identification can take days to weeks, mNGS testing using nanopore or Illumina sequencing platforms has an overall turnaround time of 5–24?h.

（基于培養(yǎng)的病原體鑒定可能需要幾天到幾周，而使用納米孔或Illumina測序平臺進行mNGS測試的總體運行時間為5-24小時。）

參考文獻：[1]. Rapid pathogen detection by metagenomic next-generation sequencing of infected body fluids.[J]. Nature medicine,2020.

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